n5095a与n5095的区别（n50）

很多人对n5095a与n5095的区别，n50不是很了解那具体是什么情况呢，现在让我们一起来瞧瞧吧！

1、因为如果n50越大，表明那些含有较多碱基的reads就较多，也就是长片段的reads很多，当然拼接的效果也就越好。

2、举个例子，比如一个基因组大小是1M，测序得到若干条reads，这些reads进行拼接，如果完全可以拼接起来，中间没有gap的序列称为contig，即连续的意思。

3、如果中间有gap,但是可以知道gap的长度，这样的序列就叫做scaffold, 即脚手架（非连续）的意思。

4、然后把contig 和 scaffold 从长到短进行排列，然后相加，当恰好加到1M的50％，也就是500k的时候 ，那一条 contig 或者scaffold 的长度就叫做Contig N50和Scaffold N50。

5、很明显这个数值越大说明组装的质量越好。

6、 即：从最长的开始倒数，数到长度为总长度一半的片段，最后一个被数到的片段越长，说明长的片段越多，最后组装的质量越好。

7、 拼接分析原理：测序仪器一次测量的长度有限，通常会对样本中的序列进行饱和式测量，原始数据文件中会包含大量来自基因不同位置、长度不同的短序列。

8、拼接工作将这些短序列按照一定顺序排列并筛除重复部分，合成长序列。

9、首先需要弄懂n50的定义。

10、 n50就是把contig或scaffold从大到小排序，并对其长度进行累加，当累加长度达到基因组序列长度一半时，最后一个contig或scaffold长度。

11、如果这个值越大，就是说在这些个contig中含有较大长度。

本文【n5095a与n5095的区别（n50）】到此讲解完毕了，希望对大家有帮助。